Gmina Hajnówka należy do powiatu hajnowskiego. Graniczy od północnego zachodu i od północy z Gminą Narew, od zachodu z Gminą Czyże, w części południowo - wschodniej z Gminą Dubicze Cerkiewne, dalej od południa granica gminy pokrywa się z granicą państwową Rzeczpospolitej Polski z Republiką Białoruś, od wschodu z Gminą Białowieża, a od północnego wschodu z Gminą Narewka. Gmina Hajnówka okala miasto Hajnówka, stanowiące oddzielną jednostkę administracyjną - Gminę Miejską, w którym znajduje się siedziba Urzędu Gminy Hajnówka.
Gmina Hajnówka ma powierzchnię 293,15 km2, w tym 37 % stanowią użytki rolne, a 56 % użytki leśne. Gmina stanowi 18,05% powierzchni powiatu. Wschodnią część gminy zajmują tereny leśne należące do Puszczy Białowieskiej. Zachodnia część natomiast graniczy z terenami rolnymi należącymi do Bielsko - Drohickiego regionu, który wyróżnia się bardzo dobrymi warunkami glebowymi. Aż 60,4% powierzchni gminy należy do obszaru o szczególnych walorach przyrodniczych prawnie chronionych.