Gmina Hajnówka położona jest na Nizinie Podlaskiej, w południowo-wschodniej części województwa podlaskiego, na zachodnim krańcu Puszczy Białowieskiej, która nadaje gminie specyficzny mikroklimat i duże walory krajobrazowe.
Tereny Gminy Hajnówka to rozległa równina pokryta lasami (55,5 % pow.), łąkami i polami uprawnymi (37% pow.). Przez gminę przepływają liczne cieki wodne, w większości dopływy Bugu.
Gmina Hajnówka należy do powiatu hajnowskiego. Graniczy od północnego zachodu i od północy z Gminą Narew, od zachodu z Gminą Czyże, w części południowo-wschodniej z Gminą Dubicze Cerkiewne, dalej od południa granica gminy pokrywa się z granicą państwową Polski z Białorusią, od wschodu z Gminą Białowieża, a od północnego wschodu z Gminą Narewka. Gmina Hajnówka okala miasto Hajnówka, stanowiące oddzielną jednostkę administracyjną - Gminę Miejską, w którym znajduje się siedziba Urzędu Gminy Hajnówka.