Wszystkie obiekty chronione gminy Hajnówka zgrupowane są na terenie Obszaru Chronionego Krajobrazu Puszczy Białowieskiej. Istnieje tu 12 rezerwatów przyrody, 519,26 ha użytków ekologicznych, 361 pomników przyrody (drzewa i grupy drzew), 33 strefy ochronne gniazd ptaków (orlik krzykliwy, puchacz, bocian czarny), ostoja żubra o powierzchni 168,80 ha (oddziały 391A,B,C,D, 419A,B), siedliska mokre i wilgotne - lasy wodochronne 3528,13 ha.
- Obszar Chronionego Krajobrazu Puszczy Białowieskiej
Zajmuje obszar 88000 ha (na terenie gminy Hajnówka 17691 ha co stanowi 60,30% jej ogólnej powierzchni). Obejmuje całą Puszczę Białowieską oraz teren położony na południe i południowy-zachód od puszczy z fragmentami lasów naturalnego pochodzenia i dużymi powierzchniami młodników sosnowych występujących na glebach porolnych. Na terenie gminy Obszar zajmuje całą zachodnią i południową (puszczańską) część gminy, wraz z terenami rolniczymi (położonymi na południe od szosy Hajnówka - Siemiatycze okolice wsi Orzeszkowo), panuje tu krajobraz mozaikowy łąkowo-polno-leśny.
Puszcza Białowieska jest jednym z największych i najcenniejszych pod względem przyrodniczym kompleksów leśnych Europy. O wartości lasów Białowieskich świadczy stopień naturalności, znacznie zróżnicowanie zbiorowisk roślinnych (przy względnie wyrównanych warunkach klimatycznych i geologicznych) i bogactwo flory i fauny. Roślinność Puszczy składa się z około 106 zespołów roślinnych, na bogactwo flory składa się około 990 gatunków roślin naczyniowych, 254 gatunki mszaków, ponad 1000 gatunków grzybów i porostów; fauna reprezentowana jest przez62 gatunki ssaków, 159 gatunków ptaków (Pugacewicz 1997), 7 gatunków płazów, 12 gatunków gadów, 24 gatunki ryb (Faliński 1977).
Wszystkie obiekty chronione gminy Hajnówka zgrupowane są na terenie Obszaru Chronionego Krajobrazu Puszczy Białowieskiej. Istnieje tu 12 rezerwatów przyrody, 519,26 ha użytków ekologicznych, 361 pomników przyrody (drzewa i grupy drzew), 33 strefy ochronne gniazd ptaków (orlik krzykliwy, puchacz, bocian czarny), ostoja żubra o powierzchni 168,80 ha (oddziały 391A,B,C,D, 419A,B), siedliska mokre i wilgotne - lasy wodochronne 3528,13 ha.
Część puszczy administracyjnie należąca do gminy Hajnówka została wyznaczona jako II i III strefa buforowa Rezerwatu Biosfery Białowieskiego Parku Narodowego. Od 01-01-1995r. na mocy zarządzenia nr 30 Dyrektora Generalnego Lasów Państwowych z dn. 19-12-1994r. powołano Leśny Kompleks Promocyjny Puszczy Białowieskiej.
- Rezerwaty przyrody
Na terenie gminy istnieje obecnie 12 rezerwatów przyrody (8 leśnych, 3 faunistyczne i jeden krajobrazowy) o łącznej powierzchni 1940,25 ha. Wszystkie zlokalizowane są we wschodniej i południowo-wschodniej części gminy na terenie Obszaru Chronionego Krajobrazu Puszczy Białowieskiej.
Charakterystyki rezerwatów podano za Sokołowskim (1991) i Witkowskim z zespołem (1989).
- Użytki ekologiczne zatwierdzone (Dziennik Urzędowy Województwa Białostockiego z dnia 7 sierpnia 1997r., Nr 16, poz.64)
Łączna powierzchnia użytków ekologicznych zatwierdzonych na terenie gminy Hajnówka wynosi 519,26 ha. Wszystkie występują na terenie Puszczy Białowieskiej, chronią łąki i torfowiska w dolinach rzek: Leśnej Prawej, Chwiszczej, Perebel oraz niewielkie bagienka śródleśne. Stanowią one ostoję roślinności wodnej, bagiennej i torfowiskowej. Są to także dogodne żerowiska ssaków i ptaków, których liczne gatunki odbywają tutaj lęgi, np. w dolinie Leśnej i Chwiszczeja stwierdzono lęgi50 gatunków ptaków (Pugacewicz 1997).