Wszystkie obiekty chronione Gminy Hajnówka zgrupowane są na terenie Obszaru Chronionego Krajobrazu Puszczy Białowieskiej. Istnieje tu 12 rezerwatów przyrody, 519,26 ha użytków ekologicznych, 361 pomników przyrody (drzewa i grupy drzew), 33 strefy ochronne gniazd ptaków (orlik krzykliwy, puchacz, bocian czarny), ostoja żubra o powierzchni 168,80 ha (oddziały 391A,B,C,D, 419A,B), siedliska mokre i wilgotne - lasy wodochronne 3528,13 ha.
Gmina Hajnówka odznacza się bardzo wysoką lesistością wynoszącą 56.7%. W drzewostanie borealnej świerczyny torfowcowej udział gatunków towarzyszących świerkowi jest bardzo ograniczony, najliczniej występuje sosna sporadycznie spotkać można olszę czarną brzozę omszoną i brodawkowatą oraz osikę. Podszyt także zdominowany jest przez bardzo dynamicznie odnawiający się świerk. Dno lasu przykryte jest grubym dywanem mchów torfowców, w runie dominują borówki, żurawina, widłak jałowcowaty oraz gatunki borealno-górskie i górskie np. gwiazdnica długolistna, gruszyczka jednokwiatowa, listera sercowata, turzyca życicowa, turzyca nitkowata i inne. Oba zbiorowiska ze względu na swój borealny (północny) charakter stanowią osobliwość szaty roślinnej Polski, występują wyłącznie w Polsce północno-wschodniej, a ich nieliczne stanowiska są na terenie gminy chronione w istniejących rezerwatach przyrody. Spod rekreacji są wyłączone rezerwaty przyrody, strefy ochronne wokół gniazd (w okresie lęgowym) oraz uprawy leśne. Ograniczona jest także penetracja lasów wodochronnych. Bory bagienne wykształcają się w bezodpływowych nieckach terenowych. Na terenie gminy zbiorowisko zajmuje niewielkie powierzchnie w rezerwatach: Michnówka i Sitki.
Z uwagi na swoje położenie 60,3 % powierzchni Gminy Hajnówka należy do Obszaru Chronionego Krajobrazu Puszczy Białowieskiej o powierzchni 88.000 ha, z czego 17.691 ha znajduje się na terenie Gminy Hajnówka. Obszar ten obejmuje całą Puszczę Białowieską oraz teren położony na południe i południowy-zachód od puszczy z fragmentami lasów naturalnego pochodzenia i dużymi powierzchniami młodników sosnowych występujących na glebach porolnych. Na terenie Gminy Hajnówka obszar chroniony zajmuje całą zachodnią i południową (puszczańską) część gminy wraz z terenami rolniczymi położonymi na południe od szosy Hajnówka - Siemiatycze (okolice wsi Orzeszkowo). Panuje tu krajobraz mozaikowy łąkowo - polno - leśny.
Puszcza Białowieska jest jednym z największych i najcenniejszych pod względem przyrodniczym kompleksów leśnych Europy. O wartości lasów białowieskich świadczy wysoki stopień naturalności, znaczne zróżnicowanie zbiorowisk roślinnych (przy względnie wyrównanych warunkach klimatycznych i geologicznych) i bogactwo flory i fauny. Roślinność Puszczy składa się z około 106 zespołów roślinnych, na bogactwo flory składa się około 990 gatunków roślin naczyniowych, 254 gatunki mszaków, ponad 1000 gatunków grzybów i porostów; fauna reprezentowana jest przez 62 gatunki ssaków, 159 gatunków ptaków, 7 gatunków płazów 12 gatunków gadów, 24 gatunki ryb (Faliński 1977).
Wszystkie obiekty chronione Gminy Hajnówka zgrupowane są na terenie Obszaru Chronionego Krajobrazu Puszczy Białowieskiej. Istnieje tu 12 rezerwatów przyrody, 519,26 ha użytków ekologicznych, 361 pomników przyrody (drzewa i grupy drzew), 33 strefy ochronne gniazd ptaków (orlik krzykliwy, puchacz, bocian czarny), ostoja żubra o powierzchni 168,80 ha (oddziały 391A,B,C,D, 419A,B), siedliska mokre i wilgotne - lasy wodochronne 3528,13 ha.
Część puszczy administracyjnie należąca do Gminy Hajnówka została wyznaczona jako II i Ill strefa buforowa Rezerwatu Biosfery Białowieskiego Parku Narodowego. Od 01.01.1995 r na mocy zarządzenia nr 30 Dyrektora Generalnego Lasów Państwowych z dn. 19. 12. 1994 r. powołano Leśny Kompleks Promocyjny Puszczy Białowieskiej.
Na terenie gminy istnieje obecnie 12 rezerwatów przyrody (8 leśnych, 3 faunistyczne i jeden krajobrazowy) o łącznej powierzchni 1940,25 ha. Wszystkie zlokalizowane są we wschodniej i południowo-wschodniej części gminy na terenie Obszaru Chronionego Krajobrazu Puszczy Białowieskiej.